Según a la versión oficial del Club, el Quilmes Atlético Club fue fundado el 27 de noviembre de 1887, aunque otras fuentes aseguran que el primer equipo de fútbol de la Argentina nación 10 años más tarde, en 1897. Esta entidad, ostenta dos títulos, uno amateur obteneido en 1912 y otro en el profesionalismo, el Metropolitano 1978. Tras el Torneo Apertura 2010, regresó a la primera división argentina.
Además de Fútbol, el Cervecero se desarrolla en otros deportes, como el hockey, tenis, , natación, gimnasia, patín, básquet, vóley y artes marciales. Además, posee una escuela de fútbol y se desempeña en el automovilístico conducido por Henry Martin.
Según la historia brindada por la propia institución, se originó en el Quilmes and Polo Club, fundado en 1880 por residentes británicos, y en noviembre de 1887 pasó a denominarse Quilmes Rovers Athletic Club.
En noviembre de 1897, por iniciativa de Joseph Thomas Stevenson, se funda el Quilmes Cricket Club, y a partir de 1900, desde su afiliación a la antecesora de la AFA, Argentine Association Football League, pasó a llamarse Quilmes Athletic Club. El 17 de abril de 1952, adquirió el nombre definitivo de Quilmes Atlético Club.
En 1912, Quilmes se consagró Campeón de la Asociación Amateur y en 1949, Campeón del a Primera B, ascendiendo a Primera División, pero descendió a la Primera B en 1951. En 1961 regresa a la Primera División, descendiendo al año siguiente.
En 1965, el Quilmes Atlético Club, regresó a la Primera División al consagrarse Subcampeón de la Primera B, pero descendió en 1970.
En 1975, Quilmes consiguió el ascenso a Primera División, y en 1978, al consagrarse Campeón Metropolitano de Fútbol Profesional de Primera División «A», clasificó para la Copa Libertadores de América de 1979, pero descendió a la B en 1980.
En 1981, regresó a la Primera «A», y en 1981, se consagró Subcampeón pero no clasificó para la Copa Libertadores. En la segunda parte del año, desciende a la «B». En 1986, no clasificó para la Nacional «B», por lo que debió disputar el torneo de tercera categoría.
En 1986/1987 sale campeón de la Primera B y asciende al Nacional B, y el 27 de diciembre de 1987, se anuncia la construcción del nuevo estadio de fútbol que se llamaría Centenario, en conmemoración a los primeros 100 años de la institución.
En la temporada 1990/91 el club regresa a la Primera División «A», pero en la siguiente temporada desciende al Nacional «B». En la temporada 2002/03, Quilmes consiguió el ascenso a Primera División, y en 2005, disputó su segunda Copa Libertadores.
En la temporada 2009/2010, Quilmes ascendió a la Primera «A» junto al Olimpia de Bahía Blanca y All Boys para jugar la temporada 2010/2011.
